Es otro ejemplo del gótico-mudéjar, fechado en la segunda mitad del siglo XV. Está construido con materiales de tapial y ladrillo, y se compone de tres naves, separadas por pilares ochavados y cubiertas por armaduras mudéjares de madera.
            La nave central es de par y nudillo, con pares de tirantes. Las laterales lo hacen con techumbres sencillas y a una sola vertiente. El acceso a la capilla se hace bajo un arco triunfal apuntado.
            La nave del Evangelio: un retablo barroco del segundo cuarto del siglo XVII, con escultura de cristo atado a la columna. Cuadro de Animas (s. XVII); de la Piedad (s. XVI); en el crucero, retablo barroco del s. XVIII (Virgen con el Niño) y de San Antonio con el Niño (s. XVII).
            El presbiterio: magnifico retablo mayor, con pinturas sobre tabla, con 18 paneles de escenas de los Santos Juanes, y 4 tablas de banco, con otras tantas parejas de Apóstoles. Se atribuye al Maestro de Palanquinos.

Preside este retablo una excelente escultura gótica del titular del templo, San Juan Bautista, fechada en 1500. Puede que esta obra se deba al maestro leonés que realizó el crucifijo de Aguilar de Campos.
            Destacan también una pintura en lienzo de un Calvario, del segundo tercio del s.XVI y una representación escultórica de la Virgen con el Niño (s.XVI), llamada “Virgen de la pera” y otra de san Juan Evangelista.
            La nave de la Epístola: destaca el Cristo yaciente articulado, de hacia el 1600; una piedad del s.XVI y una escultura de San José (s.XVII).
            La impresión global de este templo, un tanto contradictoria, se centra en la bondad de su mudéjar ligero y sencillo; en las dos columnas hexagonales (6 de cada lado), que dividen las 3 naves, su sustento de armaduras de madera labrada y pintada. 
            La torre, de ladrillo cocido y arcos moriscos, airea, sin apenas modificaciones sustanciales, desde el siglo XV.