Situada a unos tres kilómetros al Norte de Villalón de campos, por la carretera que conduce a Fontiyuelo y Villacarralón, su nombre alude a tres manantiales próximos a dicha ermita que ocupa el lugar de una antigua iglesia parroquial de la misma advocación.
La historia nos indica que este lugar hoy despoblado, el término de Fuentes, se cedió, el 20 de septiembre de 1379, a las monjas de Santa Clara de Astorga por Dª Inés Ramilés, hija de D. Diego Ramilés y Zifuentes. Renunciaron las monjas a su propiedad a favor del convento de San Francisco, de León, el 4 de abril de 184, y éste, el 27 de julio de ese mismo año, la vendió en 20mrs. A Don Pedro Sánchez y Dª Sancha Rodriguez, su mujer, cuya cantidad pago en doblas, francos y florines el obispo de Palencia, Don Juan, hermano de Dª Sancha.

Enrique III, el Doliente (1390-1406), cedió en 1404 aquellos terrenos a Don Fernando Alfonso de Zuria, cuya cesión se confirmo en 1409; y la mujer de éste los vendió a la villa de Villalón en la cantidad de 11.800mrs., según escritura otorgada el 14 de agosto de 1413.
Reunido el Concejo de Villalón a toque de campana en el pórtico del templo de San Miguel, el día 10 de octubre de 1413, se designo a Alfonso Fernández para tomar posesión.
El día 10 de agosto de 1625 se quemó la iglesia de Fuentes, y se acordó reedificarlo por cuenta del Ayuntamiento, concluyéndose las obras en 1629. Y el 5 de mayo, se trasladaron en solemne procesión las imágenes de Nuestra Señora y el Santo Cristo, únicas que se salvaron del voraz incendio.
La romería popular del 8 de septiembre a la Virgen de Fuentes marca el pulso de la devoción de los villaloneses a su Patrona.
 Se trata de un edificio barroco del siglo XVIII y de ladrillo. Construida de ladrillo y tapial, alzada sobre la antigua Iglesia. Presenta tres naves separadas por pilares que soportan arcos de medio punto. La nave central se cubre con bóvedas de arista, mientras que las laterales lo hacen con cúpulas, lo mismo que el crucero. La capilla mayor, a la que se accede a través del arco triunfal de medio punto, tiene bóveda de cañón. Al lado del Evangelio se alzó la capilla simétrica a la sacristía. Coro alto a los pies de la nave, y espadaña moderna. Dispone asimismo de camarín  en donde se venera la imagen de la patrona del pueblo, la Virgen de Fuentes. Se trata de una excelente talla gótica de la Virgen con el Niño, fechada hacia 1500. En el presbiterio y en una capilla del lado del Evangelio se dispone dos retablos barrocos, del siglo XVIII.
            En la Epístola es interesante una escultura de S.Elviro (s.XVI) y una pintura de la Presentación de la Virgen y Visitación (s.XVII).
            En el Evangelio: pintura de S.Francisco de Paula orando (S.XVII); y en otra capilla: retablo barroco de un Cristo del momento (s.XVIII).
            Un cristo, en el Ayuntamiento, preside el Salón de Actos. Es una interesante escultura. La posible procedencia de esta efigie de la antigua cárcel de Villalón de campos. Es una obra de alejo de Vahía, tallada posiblemente en 1516.